У серпні 2017 року суддя Кононенко контактував з позивачем у справі, яку він розглядав, та почав вимагати хабар задля швидкого ухвалення рішення на користь позивача. Останній просив стягнути заборгованість 100 тис. грн. Кононенка затримали під час отримання 5 тис. грн хабаря.

Слідство згодом вказало на два епізоди отримання хабаря за судові рішення — 3 та 5 тис. грн. Однак у суді визнали обвинувачення доведеним лише частково.  

ВАКС кваліфікував дії Кононенка за ч. 3 ст. 368 КК України та призначив йому 7 років в’язниці з конфіскацією майна, забороною обіймати певні посади на 3 роки та позбавленням військового звання майора юстиції  

Всі 5 років, доки тривало розслідування та розгляд у судах, відсторонений від здійснення правосуддя Кононенко продовжував отримувати чималу суддівську зарплату у 30-60 тис. грн/міс. У червні 2022-го його захисник клопотав про зупинення кримінального провадження, адже Кононенко зараз служить у ЗСУ. Суд відмовився це робити, тому що суддя не бере участі в бойових діях, а служить у полтавській військовій частині, тому може брати участь у засіданнях.

Апеляція згодом скасувала вирок Кононенку та відправила справу на повторний розгляд у першій інстанції. ВАКС звільнив Кононенка з-під варти та замінив запобіжний захід на 215 тис. грн застави. У липні 2024-го ВАКС оголосив вирок — 6 років позбавлення волі з конфіскацією майна та позбавленням права обіймати посади в органах судової влади.